João Vianney recebeu a ordenação sacerdotal pela bondade que habitava seu coração, porque, em consequência das dificuldades que enfrentou nos estudos, não poderia ser ordenado. Teve imensas dificuldades com o latim, língua exigida para se rezar as missas na época, mas era, reconhecidamente superior entre todos no que se referia às virtudes da santidade.
Muito se fala da pouca inteligência de Vianney, de suas lutas com o latim e a gramática. Mas a falta da instrução básica era compensada pela sua grande vontade de aprender cada vez mais sobre a obra de Deus e repassá-la aos fiéis. Os ensinamentos de padre Balley foram absorvidos avidamente por Vianney. A sua obra revela um bom administrador das coisas da Igreja e um homem que soube conduzir o seu rebanho.
É nomeado para exercer o sacerdócio em Ecully, juntamente com monsenhor Balley, devido à intervenção pessoal deste que morreria três anos depois, em dezembro de 1817. Ajudando Balley continuou a receber seus ensinamentos de Moral e Teologia. Este foi um santo homem que conseguiu penetrar no íntimo de Vianney e enxergar a sua alma. Disse ele a respeito de Vianney: “É um jovem que reza. A graça de Deus fará o resto”.
Após a morte de Balley chega um novo pároco em Ecully, em janeiro de 1818. Os dois, o novo pároco e João Maria Vianney, tinham estilos diferentes.